L'autorisation d'inscription en préparation de thèse est prononcée par le Président de l'Université sur proposition d'un directeur de thèse et accord du directeur de l’école doctorale. Le candidat doit être titulaire d'un Diplôme d'Etudes Approfondies ou d’un master, sauf dérogation accordée par le Président de l'Université, après avis du Conseil Scientifique. La durée de la préparation est de trois à quatre ans.
Le doctorat atteste de l'aptitude du candidat à la recherche, de sa réalisation de travaux originaux, de sa contribution à l'avancement des méthodes et des connaissances en Sciences Sociales.
Les étudiants préparant une thèse doivent être inscrits dans un centre de recherche et participer aux travaux de cette équipe. Ils suivent les conférences, colloques et journées d’études organisés par leur équipe de rattachement ou par d’autres unités et validés par l’école doctorale des sciences humaines et sociales (SHS). Celle-ci propose également des formations spécifiques. Elle organise des séquences de travail thématiques au cours desquelles les doctorants sont invités à présenter leurs travaux.
L’association Doxtra a publié un Guide du doctorant en sciences humaines à l'Université de Strasbourg [se renseigner auprès de l’Ecole doctorale].